Станция Крюково открыта в 1851 году и была названа по деревне Крюково, располагавшейся рядом. В конце XIX века на станции были построены две деревянные платформы с вокзалом, водонапорная башня, здание для хранения паровозных машин, возник маленький посёлок из двух жилых казарм для рабочих и служащих железной дороги. Для снабжения паровозов водой в 1861 году на реке Сходня был устроен пруд.

В 1938 году деревня Крюково, разросшийся посёлок железнодорожников и деревня Скрипицыно были объединены в посёлок Крюково, и станция стала полностью окружена его территорией.

Во время Великой Отечественной войны в районе станции шли бои за Крюково.

В 1958—1960 годах к северу от станции был основан город Зеленоград.